Dykasteria składa się z kolegium członków (kardynałów i biskupów), na czele którego stoi prefekt, wspomagany przez dwóch sekretarzy i podsekretarza oraz promotora sprawiedliwości. Personel stanowią współpracownicy, którzy, koordynowani przez swoich kierowników sekcji, zajmują się powierzonymi sobie sprawami, zgodnie ze swymi kompetencjami i różnymi potrzebami Dykasterii. Dykasteria składa się z dwóch sekcji: doktrynalnej i dyscyplinarnej, z których każda jest koordynowana przez swojego sekretarza, wspomagającego prefekta w zakresie własnych kompetencji, przy współpracy podsekretarza i odpowiednich kierowników sekcji.
Sekcja doktrynalna zajmuje się sprawami związanymi z krzewieniem i ochroną doktryny wiary i moralności. Sekcja doktrynalna promuje również studia mające na celu pogłębienie zrozumienia i przekazu wiary w służbie ewangelizacji, tak aby jej światło było kryterium rozumienia sensu życia, zwłaszcza w obliczu pytań stawianych przez postęp nauk i rozwój społeczeństwa.
W zakresie wiary i moralności sekcja zajmuje się badaniem dokumentów, które mają być opublikowane przez inne dykasterie Kurii Rzymskiej, a także pism i stanowisk, które wydają się problematyczne ze względu na prawdziwą wiarę, zachęcając do dialogu z ich autorami i proponując odpowiednie środki zaradcze, zgodnie z wytycznymi Procedury badania prawowierności nauk.
Tej sekcji jest powierzone zadanie badania kwestii związanych z ordynariatami personalnymi, ustanowionymi przez Konstytucję apostolską Anglicanorum coetibus.
Do sekcji doktrynalnej należy podsekcja ds. małżeństwa, która zostało powołane do badania, zarówno pod względem prawnym, jak i faktycznym, spraw dotyczących privilegium fidei.
Sekcja dyscyplinarna zajmuje się przestępstwami zastrzeżonymi dla Dykasterii i rozpatrywanymi przez nią w ramach jurysdykcji ustanowionego tam Najwyższego Trybunału Apostolskiego. Jej zadaniem jest przygotowywanie i przeprowadzanie procedur przewidzianych przez normy kanoniczne, tak aby Dykasteria w swych odpowiednich organach (prefekt, sekretarz, promotor sprawiedliwości, kongres, sesja zwyczajna, kolegium do rozpatrywania rekursów w sprawach delicta graviora) mogła zapewnić prawidłowe wymierzanie sprawiedliwości.
W tym celu sekcja inicjuje odpowiednie inicjatywy szkoleniowe oferowane przez Dykasterię ordynariuszom oraz prawnikom, aby upowszechniać poprawne rozumienie i stosowanie norm kanonicznych, odnoszących się do jej obszaru kompetencji.
Dykasteria jest wspomagana w swoich działaniach przez grupę konsultorów. Ich spotkania odbywają się cyklicznie. Zagadnieni rozpatrywane przez konsultorów oraz ich opinie są następnie omawiane na posiedzeniu zwyczajnym kongregacji (Feria Quarta) i poddawane pod ostateczne głosowanie. Decyzje te są później przedkładane do zatwierdzenia Ojcu Świętemu podczas odpowiedniej audiencji.
Dykasteria posiada także własne archiwum historyczne, regulowane specjalnymi przepisami, do którego mogą uzyskać dostęp wykwalifikowani badacze.
W ramach Dykasterii Nauki Wiary są ustanowione również Papieska Komisja Biblijna i Międzynarodowa Komisja Teologiczna, które działają według własnych norm pod przewodnictwem prefekta.