Il Dicastero è costituito da un Collegio di Membri (Cardinali e Vescovi) a capo del quale è posto il Prefetto, coadiuvato da due Segretari e dal Sottosegretario, nonché dal Promotore di Giustizia. L’organico è composto da Officiali che, sotto il coordinamento dei rispettivi Capi Ufficio, curano le questioni da seguire in base alla propria competenza e alle varie esigenze. Il Dicastero comprende due Sezioni, Dottrinale e Disciplinare, ciascuna coordinata da un Segretario che coadiuva il Prefetto nell’ambito specifico di propria competenza, con la collaborazione del Sottosegretario e dei rispettivi Capi Ufficio.
La Sezione Dottrinale si occupa delle materie che hanno attinenza con la promozione e la tutela della dottrina della fede e della morale. Essa, inoltre, favorisce gli studi volti a far crescere l’intelligenza e la trasmissione della fede al servizio dell’evangelizzazione, perché la sua luce sia criterio per comprendere il significato dell’esistenza, soprattutto di fronte alle domande poste dal progresso delle scienze e dallo sviluppo della società.
Per quanto concerne la fede e i costumi, la Sezione predispone l’esame dei documenti che devono essere pubblicati da altri Dicasteri della Curia Romana, nonché degli scritti e delle opinioni che appaiono problematici per la retta fede, favorendo il dialogo con i loro autori e proponendo i rimedi idonei da apportare, secondo le norme del Regolamento per l’esame delle dottrine.
A questa Sezione è affidato il compito di studiare le questioni relative agli Ordinariati personali istituiti mediante la Costituzione Apostolica Anglicanorum Coetibus.
Alla Sezione Dottrinale afferisce l’Ufficio Matrimoniale, che è stato istituito per esaminare, sia in linea di diritto che di fatto, quanto concerne il privilegium fidei.
La Sezione Disciplinare si occupa dei delitti riservati al Dicastero e da questo trattati mediante la giurisdizione del Supremo Tribunale Apostolico ivi istituito. Essa ha il compito di predisporre ed elaborare le procedure previste dalla normativa canonica perché il Dicastero, nelle sue diverse istanze (Prefetto, Segretario, Promotore di Giustizia, Congresso, Sessione Ordinaria, Collegio per l’esame dei ricorsi in materia di delicta graviora), possa promuovere una retta amministrazione della giustizia.
A tale scopo la Sezione promuove le opportune iniziative di formazione che il Dicastero offre agli Ordinari e agli operatori del diritto, per favorire una retta comprensione e applicazione delle norme canoniche relative al proprio ambito di competenza.
Per i suoi studi il Dicastero è coadiuvato da un gruppo di Consultori. Le adunanze dei Consultori si tengono periodicamente. Le questioni trattate e i pareri dei Consultori vengono quindi discussi dalla Sessione Ordinaria (Feria Quarta) del Dicastero con voto deliberativo. Le loro decisioni sono successivamente sottoposte all’approvazione del Sommo Pontefice, in apposita Udienza.
Il Dicastero ha anche il suo Archivio storico, retto da apposito Regolamento, al quale possono accedere gli studiosi qualificati.
Presso il Dicastero per la Dottrina della Fede sono costituite anche la Pontificia Commissione Biblica e la Commissione Teologica Internazionale, le quali, sotto la presidenza del Prefetto, operano secondo le proprie norme.