Le Dicastère est constitué d’un Collège de Membres (Cardinaux et Évêques), à la tête duquel est nommé un Préfet assisté par deux Secrétaires, un Sous-secrétaire ainsi qu’un Promoteur de Justice. Son personnel est composé de divers Officiaux qui, sous la direction de leurs chefs de bureau, suivent les questions correspondant à la compétence et aux exigences diverses du Dicastère. Le Dicastère est composé de deux Sections, Doctrinale et Disciplinaire, chacune coordonnée par un Secrétaire qui assiste le Préfet dans le domaine spécifique de sa compétence, avec la collaboration du Sous-Secrétaire et des Chefs de Bureau respectifs.
La Section doctrinale s’occupe des questions relatives à la promotion et à la protection de la doctrine de la foi et des mœurs. Elle promeut également des études visant à faire grandir la compréhension et la transmission de la foi au service de l’évangélisation, afin que sa lumière soit un critère pour comprendre le sens de l’existence, notamment face aux questions posées par le progrès des sciences et l’évolution de la société.
En ce qui concerne la foi et les mœurs, la Section veille à l’examen des documents devant être publiés par d’autres Dicastères de la Curie romaine, ainsi que des écrits et opinions qui semblent problématiques pour la juste foi, en favorisant le dialogue avec leurs auteurs et en proposant des remèdes appropriés, conformément aux normes de la Procédure pour l’examen des doctrines.
Cette Section est chargée d’étudier les questions concernant les Ordinariats personnels établis par la Constitution apostolique Anglicanorum Coetibus.
À la Section doctrinale se rattache l’Office matrimonial, qui a été créé pour examiner, tant en droit qu’en fait, les questions relatives au privilegium fidei.
La Section disciplinaire s’occupe des crimes réservés au Dicastère et traités par elle à travers la juridiction du Tribunal Apostolique Suprême qui y est établi. Sa tâche consiste à préparer et à élaborer les procédures prévues par les normes canoniques afin que le Dicastère, dans ses différentes instances (Préfet, Secrétaire, Promoteur de Justice, Congrès, Session ordinaire, Collège pour l’examen des recours en matière de delicta graviora), puisse promouvoir une administration correcte de la justice.
À cette fin, la Section promeut les initiatives de formation appropriées offertes par le Dicastère aux Ordinaires et aux praticiens du droit, afin de favoriser une compréhension et une application correctes des normes canoniques relatives à son propre domaine de compétence.
Pour ses études, le Dicastère est aidé par un groupe de Consulteurs. Les réunions des Consulteurs se tiennent périodiquement. Les questions traitées et les avis des Consulteurs sont examinés par la Session ordinaire (Feria Quarta) du Dicastère, avec un vote délibératif. Leurs décisions sont ensuite soumises à l’approbation du Saint-Père durant une Audience particulière.
Le Dicastère dispose aussi d’Archives historiques, munies d’un Règlement propre et accessibles aux chercheurs qualifiés.
Auprès du Dicastère pour la Doctrine de la Foi sont également instituées la Commission Biblique Pontificale et la Commission Théologique Internationale, qui opèrent selon leurs propres normes, sous la présidence du Préfet.