O Dicastério é constituído por um Colégio de Membros (Cardeais e Bispos), presidido pelo Prefeito, que é coadjuvado por dois Secretários, pelo Subsecretário e também pelo Promotor de Justiça. Prestam serviços no Dicastério diversos Oficiais que, sob a coordenação dos respetivos Chefes de Seção, cuidam das questões relativas à própria competência e às várias exigências da mesma.
O Dicastério compreende duas Secções, a Doutrinal e a Disciplinar, cada uma coordenada por um Secretário que coadjuva o Prefeito no âmbito específico da sua competência, com a colaboração do Subsecretário e dos respetivos Chefes de Gabinete.
A Secção Doutrinal ocupa-se de matérias relacionadas com a promoção e a salvaguarda da doutrina da fé e da moral. Além disso, promove os estudos destinados a aumentar a compreensão e a transmissão da fé ao serviço da evangelização, a fim de que a sua luz seja critério para compreender o significado da existência, sobretudo diante das interrogações apresentadas pelo progresso das ciências e pelo desenvolvimento da sociedade.
No que diz respeito à fé e aos costumes, a Secção examina os documentos que devem ser publicados por outros Dicastérios da Cúria Romana, assim como escritos e opiniões que parecem problemáticos para a reta fé, favorecendo o diálogo com os seus autores e propondo os remédios idóneos, de acordo com as normas do Regulamento a seguir no exame das doutrinas.
A esta Secção é confiada a tarefa de estudar as questões relativas aos Ordinariatos pessoais instituídos mediante a Constituição Apostólica Anglicanorum coetibus.
Da Secção Doutrinal depende o Departamento Matrimonial, que foi instituído para examinar, tanto em matéria de direito como de facto, as questões relativas ao privilegium fidei.
A Secção Disciplinar ocupa-se dos delitos reservados ao Dicastério e por ela tratados mediante a jurisdição do Supremo Tribunal Apostólico nela instituído. Tem a tarefa de preparar e elaborar os procedimentos previstos pelas normas canónicas, para que o Dicastério, nas suas várias instâncias (Prefeito, Secretário, Promotor de Justiça, Congresso, Sessão Ordinária, Colégio para o exame dos recursos em matéria de delicta graviora), possa promover uma correta administração da justiça.
Para esta finalidade, a Secção promove apropriadas iniciativas de formação que o Dicastério oferece aos Ordinários e aos profissionais do direito, para favorecer uma reta compreensão e aplicação das normas canónicas relativas ao próprio âmbito de competência.
Para os seus estudos, o Dicastério é assistido por um grupo de Consultores. As reuniões dos mesmos têm lugar periodicamente. As questões tratadas e os pareceres dos Consultores são, posteriormente, discutidos pela Sessão Ordinária (Feria Quarta) do Dicastério com voto deliberativo. Sucessivamente, as decisões são submetidas à aprovação do Sumo Pontífice, em respetiva Audiência.
O Dicastério tem também o seu Arquivo histórico, regido pelo seu respetivo Regulamento, ao qual podem ter acesso investigadores qualificados.
Também adstritas ao Dicastério para a Doutrina da Fé são a Pontifícia Comissão Bíblica e a Comissão Teológica Internacional, as quais, sob a presidência do Prefeito, operam segundo as normas próprias.