Nel 1542 Paolo III istituì una Commissione di sei Cardinali con il compito di vigilare sulle questioni della fede (Bolla Licet ab initio del 21 luglio 1542). Tale Commissione, conosciuta con il nome di “Santa Romana e Universale Inquisizione”, aveva all’inizio esclusivamente carattere di Tribunale per le cause di eresia e scisma.
Paolo IV, a partire dal 1555, ampliò notevolmente la sua sfera di azione, facendola competente a giudicare anche questioni morali di diversa indole.
Nel 1571 Pio V creò la Congregazione per la riforma dell’Indice dei Libri Proibiti. Tale competenza, inizialmente attribuita all’inquisizione, fu esercitata da questo nuovo Dicastero fino alla sua soppressione nel 1917.
In seguito alla riforma della Curia, operata da Sisto V (Bolla Immensa aeterni Dei del 22 gennaio 1588), l’attività dell’inquisizione si estese a tutto ciò che poteva riguardare direttamente o indirettamente la fede e la morale.