En 1542, Paul III institua une Commission de six Cardinaux qui avait pour mission de veiller sur les questions de foi (Bulle Licet ab initio du 21 juillet 1542). Cette Commission, connue sous le nom de « Sainte Inquisition Romaine et Universelle », n’était au début qu’un Tribunal pour les cas d’hérésie et de schisme.
Paul IV, à partir de 1555, élargit notablement son domaine d’action, en la rendant compétente pour juger aussi différentes sortes de questions morales.
En 1571, Pie V fonda la Congrégation pour la réforme de l’Index des Livres interdits. Cette compétence, initialement attribuée à l’Inquisition, fut exercée par ce nouveau Dicastère jusqu’à sa suppression en 1917.
Après la réforme de la Curie opérée par Sixte V (Bulle Immensa aeterni Dei du 22 janvier 1588), l’activité de l’Inquisition s’étendit à tout ce qui pouvait concerner directement ou indirectement la foi et la morale.