Em 1542, Paulo III instituiu uma Comissão de seis cardeais, cuja missão era velar sobre as questões da fé (Bula Licet ab initio, 21 de julho de 1542). Esta Comissão, conhecida pelo nome de “Santa Inquisição Romana e Universal”, tinha no início exclusivamente caráter de Tribunal para as causas de heresia e cisma.
Paulo IV, a partir de 1555, ampliou notavelmente o seu campo de ação ao fazê-la competente também para julgar questões morais de índole diversa.
Em 1571, Pio V criou a Congregação para a reforma do Índice dos Livros Proibidos. Tal competência, inicialmente atribuída a inquisição, foi exercida por este novo Dicastério até a sua supressão em 1917.
Na sequência da reforma da Cúria, realizada por Sisto V (Bula Immensa aeterni Dei, 22 de janeiro de 1588), a atividade da inquisição estendeu-se a tudo o que pudesse direta ou indiretamente referir-se a fé e a moral.