En 1542, Pablo III instituyó una comisión de seis Cardenales, con la misión de vigilar sobre las cuestiones de fe (Bula Licet ab initio del 21 de julio de 1542). Esta comisión, conocida con el nombre de “Santa Inquisición Romana y Universal”, tuvo al inicio un carácter exclusivamente judicial, para las causas de herejía y de cisma.
Pablo IV, a partir de 1555, amplió notablemente su esfera de acción, haciéndola competente para juzgar también asuntos morales de diversa índole.
En 1571, Pío V creó la Congregación para la reforma del Índice de los Libros Prohibidos. Esta competencia, que inicialmente había sido atribuida a la Inquisición, fue ejercida por este nuevo Dicasterio, hasta la supresión del mismo en 1917.
Tras la reforma de la Curia realizada por Sixto V mediante la Bula Immensa aeterni Dei (22 de enero de 1588), la actividad de la Inquisición romana se extendió a todo aquello que pudiera afectar, directa o indirectamente, a la fe y la moral.